本館共計地上7層樓，地下2層樓，2樓設置骨灰存放區，並於地下一、二樓設置骨骸存放區，皆具備東、西、南、北四方座向，設計符合命理風水民俗的需求，除了獨立單人櫃存放配置，還有設置雙人櫃位；也考量非佛道信仰，設置西洋教區。並設置本市國軍軍徽樓，規畫骨灰存放櫃位，奉祀國軍忠烈將士之靈。七樓為神主牌位，提供追思存放區。
| 樓層 |
用途 |
| B2樓 |
個人式骨骸櫃位共1663個，為懷慈區 |
| B1樓 |
個人式骨骸櫃位共6691個，及基督教個人骨骸櫃位285個
本區有懷恩區、懷慈區、懷澤區、懷悌區、懷仁區、懷祥區、懷德區、懷親區及主懷區
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| 2樓 |
個人式骨灰櫃位共8320個，雙人式骨灰櫃位1560個及基督教個人骨灰櫃位670個
本區有懷親區、懷祥區、懷悌區、懷德區及主懷區
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| 軍徽樓 |
軍人忠靈區，共15,770個骨灰櫃位，個人式骨灰櫃位3990個，雙人櫃位210個。本區有懷恩區、懷澤區、懷慈區、懷悌區、懷思區及懷親區。 |
| 7樓 |
神主牌位6318個，本區有懷恩區、懷德區、懷慈區、懷澤區、懷悌區、懷仁區、懷祥區及懷親區 |